Es la máxima autoridad colegiada permanente de gobierno y administración de la Universidad, calidad en la que le corresponde decidir sobre la política general de desarrollo de la Universidad y sobre los instrumentos, también de carácter general, que hacen posible su cumplimiento.
Está integrado por el Rector, quien lo preside; por los Decanos de cada facultad; por tres Consejeros designados por el Gran Canciller; por un Consejero por cada Facultad integrada por cuatro o más Unidades Académicas en actividad (Facultades de Ciencias, de Ciencias Económicas y Administrativas, de Filosofía y Educación, y de Ingeniería); y por dos representantes de los alumnos, a los que corresponde derecho a voz en el desarrollo de las sesiones del Consejo. Asisten, también, en calidad de invitados permanentes, los vicerrectores y directores generales.
De acuerdo a esa integración, el Consejo Superior se compone de dieciséis personas con derecho a voto, que adoptan sus decisiones por reglas de mayoría, salvo aquellos casos en que su reglamento exige un quórum superior.
El propio Consejo Superior ha establecido las reglas que rigen el desarrollo de las sesiones, el sistema de votación, la organización de comisiones permanentes y temporales y otras, con el fin de asegurar un funcionamiento apropiado para el cumplimiento de las responsabilidades que le corresponden.
Entre sus principales funciones se encuentran la aprobación, interpretación, modificación y derogación de las normas de carácter general; la aprobación del nombramiento de determinadas autoridades; pronunciarse sobre la cuenta anual del Rector; la aprobación del presupuesto y velar por el patrimonio de la Universidad.
Composición actual Consejo Superior
- Presidente Honorario: Monseñor Jorge Vega Velasco, Obispo de la Diócesis de Valparaíso y Gran Canciller de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso
- Vice Gran Canciller: Fr. Cristián Eichin Molina OFM
- Presidente Ejecutivo: Nelson Vásquez Lara, rector
- Secretario General: José Marín Riveros
- Decana Facultad de Derecho: María Graciela Brantt Zumarán
- Decano Facultad de Ingeniería: Gianni Olguín Contreras
- Decana Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas: María Teresa Blanco Lobos
- Decano Facultad de Arquitectura y Urbanismo: Rodrigo Saavedra Venegas
- Decano Facultad de Filosofía y Educación: José Miguel Garrido Miranda
- Decano Facultad de Ciencias Agronómicas y de los Alimentos: Carolina Astudillo Castro
- Decano Facultad de Ciencias: Manuel Bravo Mercado
- Decano Facultad de Ciencias del Mar y Geografía: Dante Queirolo Palma
- Decana Facultad Eclesiástica de Teología: Loreto Moya Marchant
- Consejero Superior Representante Facultad de Ingeniería: Álvaro Peña Fritz
- Consejero Superior Representante Facultad de Filosofía y Educación: Gloria Contreras Pérez
- Consejero Superior Representante Facultad de Ciencias: Joel Saavedra Alvear
- Consejero Superior Representante Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas: Rodrigo Navia Carvallo
- Consejero Superior designado por Gran Canciller: Lorena Jorquera Martínez
- Consejero Superior designado por Gran Canciller: Juan Pablo Faúndez Allier
- Consejero Superior designado por Gran Canciller: Kamel Harire Seda
- Consejera Superior Representante Estudiantes: Emilio Bello Crispi
- Consejera Superior Representante Estudiantes: Matías Fuentes Mena
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