El impacto de la actividad humana sobre el medio ambiente es un asunto de interés y preocupación global. La biotecnología y la ingeniería están ciertamente llamadas a jugar un rol fundamental en la forma como nuestras sociedades se relacionan con su medio. El tratamiento de aguas residuales para reducir su impacto ambiental, la recuperación de recursos de residuos, la generación de biocombustibles, el tratamiento de efluentes gaseosos, entre otras aplicaciones requieren de herramientas que involucran el uso de materia y energía de origen biológico.  Esta línea de investigación dice relación con el desarrollo de herramientas y procesos que permitan armonizar el desarrollo productivo con el cuidado de nuestro ambiente. Como ejemplo, se puede mencionar la producción de biogás de residuos orgánicos, la biofiltración de gases, la recuperación de agua de aguas municipales, la producción de biocombustibles a partir de residuos lignocelulósicos, la producción de biohidrógeno por fermentación oscura.

 Líneas de investigación:

• Tratamiento anaerobio de residuos líquidos y sólidos.
• Tratamiento biológico de emisiones gaseosas contaminantes (Biofiltración).
• Biorremediación de suelos.