A principios de la década de los 80, y como una forma de responder a la necesidad de formación de académicos e investigadores en el área de la Química, un grupo de profesores del Instituto de Química propone a las autoridades de la Universidad la creación del Programa de Doctorado en Ciencias con mención en Química. El grado de Doctor en Ciencias con mención en Química es creado por Decreto de Rectoría Académico (DRA nº 113/1982) del 28 de diciembre del año 1982 e inicia sus actividades académicas en marzo de 1983 bajo el DRA nº 13/1983, que estableció el programa de estudios y el reglamento del Programa. De esta forma, se constituye en el primer programa de postgrado en la institución, en el quinto programa de Doctorado en Química en Chile y el único acreditado ininterrumpidamente desde 1996 en la región de Valparaíso.

El programa se orienta a la formación de graduados con sólidos conocimientos en la disciplina, que los capacita para el cultivo y proyección de esta área de las ciencias, a través de la investigación científica fundamental y aplicada, con respeto a las personas y el medio ambiente. El cultivo y proyección de la ciencia química lo harán desde una perspectiva innovadora, con autonomía y liderazgo.

En sus 36 años de existencia, el programa ha graduado 86 doctores que se desempeñan como académicos en universidades, realizando labores de investigación y docencia, como científicos en centros de investigación o en departamentos de desarrollo de empresas productivas y/o en consultorías de investigación e innovación tecnológica.

El Programa de Doctorado en Ciencias con Mención en Química de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso fue acreditado por primera vez en el año 1996 por CONICYT. Posteriormente, en el año 1999, obtuvo una acreditación internacional de parte de Fundación Andes. Los años 2000 y 2006, nuestro programa fue re-acredito por la Comisión Nacional de Acreditación de Postgrado (CONAP) por 6 años en ambas oportunidades. Posteriormente, nuestro programa fue re-acreditado en el año 2013 por la Comisión Nacional de Acreditación (CNA) por un período de 7 años hasta el 13 de marzo de 2020. Actualmente el Programa se encuentra acreditado por un periodo de 8 años, desde julio del 2020 a julio del 2028.