La Escuela de Ingeniería Bioquímica históricamente estuvo situada dentro del edificio de la Facultad de Ingeniería, en donde disponía de nueve laboratorios con más de 600 metros cuadrados de superficie para la realización de labores docentes y de investigación. A raíz del interés de la EIB por contar con un espacio propio, la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso aprobó la construcción de un edificio nuevo para la Escuela, proceso que comenzó en diciembre de 2012, finalizando a mediados de 2014. 

Este nuevo edifico, ubicado en Avenida Brasil, a una cuadra de la Facultad de Ingeniería, posee 4.820 metros cuadrados, distribuidos en seis pisos y dos niveles subterráneos, con modernas instalaciones para realizar actividades de pregrado y postgrado, además de laboratorios de docencia e investigación. Dichos laboratorios cuentan con el equipamiento necesario para realizar trabajos experimentales en el campo de las fermentaciones, procesos enzimáticos, procesamiento de alimentos y tratamientos de residuos, entre los cuales se encuentra un laboratorio de bioprocesos a escala piloto.

Los dos primeros pisos están destinados a salas de clases, un auditorio, espacios para los dos Centros de Alumnos, una sala de computación y laboratorios de docencia de pregrado, además de una planta piloto. Del tercer al sexto piso se ubican los laboratorios de investigación, áreas de postgrado, secretarías y oficinas de profesores. El nivel subterráneo -1 está destinado a laboratorios de investigación de gran tamaño y que requieren mayor altura, además de una sala de estar para alumnos y una sala de proyectistas. Por último, en el subterráneo -2 se ubican los estacionamientos y las bodegas. 

Por otra parte, la EIB cuenta con una infraestructura de información adecuada y actualizada, compuesta por más de 900 títulos de libros y la suscripción permanente a 16 revistas y publicaciones periódicas de la especialidad, material que se encuentra en la Biblioteca Mayor de la Facultad de Ingeniería. Esta biblioteca de modernas instalaciones ofrece 256 puestos de estudio, distribuidos en 741 metros cuadrados, desde donde se tiene acceso a diversas bases de datos vía internet.